A SEMADEJ iniciou suas atividades na Assembleia de Deus Ministério do Belém em São José dos Campos – SP, a partir de 22 de maio de 2005, com a vinda do Pr Francisco Sales Ferreira para assumir a Presidência da Igreja, onde permaneceu até 8 de outubro de 2011, quando foi substituído pelo Pr Emanuel Barbosa Martins, que permanece até o momento atual.

Em 03 de julho de 2005 foi realizado o primeiro culto de missões na Sede da Igreja na Rua Dolzani Ricardo, 334. Em 30/07/2005 a Sede foi transferida para a Rua Coronel José Monteiro, 293. Em 25/07/2007 a sede foi transferida para o prédio da Igreja Batista na Rua Euclides Miragaia, 548. Em 15/02/2009 retornou para a Rua Dolzani Ricardo, 334.